Научный центр педиатрии и детской хирургии является одним из старейших институтов в Казахстане, который открыт 28 ноября 1932 года по решению ЦИК и Совнаркома КазАССР как НИИ охраны материнства и младенчества. Во главе института со времени его основания стояли ведущие специалисты и организаторы здравоохранения - Т.С.Лебединская (1932-1934гг.), Ю.А.Багданович (1935-1939гг.), Г.Г.Маковская и Ф.А. Курганская (1935-1939гг.), Н.Н.Грюнберг (1939-1941гг.), А.И.Розанова (1941-1943гг.), профессора И.Л.Стычинский (1944-1947гг.), А.И.Авенирова (1948-1951гг.), Х.Е.Мурзалиева (1951-1959гг.), А.Б.Бисенова (1959-1980гг.), академик К.С.Ормантаев (1980-1985гг. и 1993-2001гг.), А.К.Машкеев (1986-1992гг.), К.А.Мажибаев (2001-2005гг.), С.А.Диканбаева (2005-2008гг.), Е.А.Аязбеков (2008-2011гг.), С.Г.Нукушева (2011-2014гг.). С февраля 2014г. директором Научного центра педиатрии и детской хирургии является д.м.н. Боранбаева Р.З. Институт с начала образования проводит активную научную и организационно-методическую работу по созданию и становлению службы охраны здоровья матери и ребенка в Казахстане. Организуются экспедиции «красных юрт» в отдаленные районы республики, где создаются первые детские ясли и «родильные хаты». Сотрудниками института были получены первые научные и статистические данные о состоянии здоровья женщин и детей в Казахстане. Одной из острых проблем, стоявших перед институтом в тридцатые годы была борьба с «летними детскими поносами» - основной причиной младенческой смертности. Ведущее место в деятельности института занимала подготовка медицинских кадров для быстро расширяющейся сети учреждений охраны материнства и детства: краевых инструкторов по охране материнства и детства, акушерок, патронажных сестер и работников детских яслей. Научные работники института тех лет занимались изучением структуры детской заболеваемости и смертности в Казахстане, разработкой вопросов профилактики и лечения желудочно-кишечных заболеваний, пневмонии и воспитания детей раннего возраста, изучение физического развития детей.

           В военные и послевоенные годы и во время освоения целинных земель деятельность института была целиком подчинена решению неотложных проблем охраны материнства и детства, выдвинутых суровыми условиями времени.

           Научные исследования были посвящены профилактике и ликвидации кишечной инфекции, пневмонии, ревматизма, рахита, ликвидации полиомелита, туберкулезного менингита, снижению мертворождаемости, материнской и детской смертности.

В настоящее время НЦПДХ представляет крупный педиатрический многопрофильный научно-клинический центр, с мощной материально-технической базой и высококвалифицированными специалистами, с возможностью оказания медицинской помощи по новейшим инновационным технологиям в области педиатрии и детской хирургии. В нем работают 810 сотрудников, 142 врачей и научных работников, в том числе 1 академик, 12 докторов медицинских наук и 27 кандидата медицинских наук. Основными направлениями деятельности НЦПДХ являются: научно-исследовательская деятельность, оказание высокоспециализированной медицинской помощи детскому населению, внедрение инновационных технологий, организационно-методическая работа, повышение квалификации врачей и научных кадров.

           Научно-исследовательскую работу в разные годы возглавляли Н.А.Барлыбаева, А.К.Машкеев, Б.Ж.Тастанбеков, К.О.Омарова, А.С.Тыныбеков, А.С. Аюбаев, З.Д.Душимова, М.Н.Шарипова. В настоящее время должность заместителя директора по науке и постдипломному образованию занимает к.м.н. Г.И.Сарсенбаева.

           Центр располагает собственной клиникой на 285 коек, где лечатся ежегодно более шести тысяч детей со всех регионов Казахстана в возрасте от 1 дня до 18 лет. Эту службу возглавляли А.Т.Крылова, Г.А.Сафина, С.И.Бурибаева, Ж.К.Секенова, И.П.Морозова, Р.З.Боранбаева, А.С.Имамбетова, А.Б.Шейнберг. Сегодня этим ответственным разделом руководят заместители директора по педиатрии к.м.н. Г.К.Абдилова и по хирургии к.м.н К.Э.Хаиров. 

     Важным направлением деятельности Центра является стратегическое развитие и экономика. Возглавляет его к.м.н Ж.Б.Сауранбаева первый заместитель директора по стратегическому развитию и экономике.

           Научный центр педиатрии и детской хирургии имеет 25 структурных подразделений: приемное отделение, отделения детской онкологии (3), гематологическое отделение для детей раннего возраста, гематологическое отделение для детей старшего возраста, отделение дневного стационара, отделение трансплантации гемопоэтических стволовых клеток, отделение хирургии, отделение урологии с оперативной андрологией, отделение кардиохирургии с интервенционной кардиологией, отделение неонатологии и хирургии новорожденных, отделение сложной соматической патологии с реабилитацией, отделение кардиоревматологии, отделение пульмонологии, отделение функциональной диагностики, отделение лучевой диагностики и УЗИ, сектор эндоскопии, клинико-диагностическое отделение, клинико-диагностическая лаборатория, операционный блок. Также в НЦПДХ имеется 4 отделения реанимации и интенсивной терапии для различных профилей и высокооснащенная современная лаборатория афереза и контроля гемопоэтических стволовых клеток с отделением трансфузиологии.

           Наиболее полное удовлетворение потребностей населения в медицинской помощи на основе реализации права свободного выбора врача осуществляет консультационно-диагностическое отделение.

           Научный центр педиатрии и хирургии является клинической и обучающей базой для многих клинических кафедр КазНМУ им. С.Д.Асфендиярова, постдипломной подготовки и курсов повышения квалификации врачей. На базе НЦПДХ проводятся курсы переподготовки и повышения квалификации по детской онкологии и гематологии, кардиологии и ревматологии, неонатологии и интенсивной терапии новорожденных, детской пульмонологии, актуальным проблемам педиатрии, лабораторное дело. Центром проводится обучение с выездом во все регионы республики по ранней диагностике онкологических и гематологических заболеваний, детской пульмонологии, неонатологии и интенсивной терапии новорожденных, детской кардиологии, детской ревматологии, заболеваний желудочно-кишечного тракта, кардиохирургии, избранные вопросы лучевой диагностики.  Также на базе НЦПДХ осуществляется подготовка резидентов по специальности «педиатрия» и «детская хирургия».

           С внедрением интервенционной кардиохирургии, обеспечивается выполнение операций с минимальным травматизмом, улучшились результаты вмешательств, увеличилось продолжительность и качество жизни, снижением инвалидность детей.

Широко используются новые информационные технологии в оказания медицинской помощи – на протяжении нескольких лет успешно используются возможности телемедицины, позволяющие специалистам клиники проводить телеконференции с лечебно-профилактическими учреждениями в нашей стране и за рубежом, дистанционно участвовать в консультировании пациентов, организовывать телелектории в рамках программ повышения квалификации врачей из регионов. Рост бюджетного финансирования дает возможность значительно улучшать не только материально-техническую базу, но и обучать специалистов за рубежом, внедрять высокие технологии диагностики и лечения сложных патологий.